법률

주식 양도세소송, 대주주인지 취득가액이 얼마인지에서 갈립니다

기업변호사 성범죄변호사 형사전문변호사 민사전문변호사 2026. 8. 27. 11:47
반응형

주식 양도세소송, 대주주인지 취득가액이 얼마인지에서 갈립니다

주식을 팔고 몇 년이 지난 뒤 갑자기 고지서를 받는 경우가 있습니다. 과세 대상이 아니라고 생각했거나 세액을 다르게 계산했던 사안입니다. 주식 양도세소송에서 다투어지는 지점은 대체로 두 가지, 과세 대상인지와 세액이 맞는지입니다.

비상장 주식의 경우에는 취득가액과 시가를 두고 다툼이 생기기 쉽습니다. 주식 양도세소송을 검토하실 때 어느 지점에서 견해가 갈리는지부터 확인하셔야 합니다.

어떤 쟁점이 문제 되는가

상장주식은 대주주에 해당하는 경우에만 과세되므로 대주주 판정이 핵심이 됩니다. 보유 지분율과 평가액, 특수관계인의 보유분 합산 여부가 다투어집니다.

비상장주식은 원칙적으로 과세 대상이어서, 세액 산정이 주된 쟁점이 됩니다.

취득가액을 증명하지 못하면 불리하게 산정됩니다. 오래전 취득했거나 증여·상속으로 받은 경우에 자주 문제 됩니다.

특수관계인 사이의 거래에서는 시가와 다른 가격으로 거래했다는 이유로 부당행위계산 부인이 적용될 수 있습니다.

명의신탁된 주식의 경우에는 실질 귀속자가 누구인지가 함께 문제 됩니다.

실제로 이런 사례가 많습니다

가족이 보유한 지분을 합산해 대주주로 판정된 사례가 있었습니다. 특수관계인의 범위와 판정 기준일이 쟁점이 되었고, 해당 시점의 보유 현황을 정확히 재구성하는 작업이 필요했습니다.

비상장 회사의 주식을 액면가로 거래했다가 시가와 차이가 크다는 이유로 과세된 사례도 있었습니다. 회사의 순자산과 수익 상황을 근거로 평가액의 적정성을 다투었습니다.

오래전 설립 당시 출자한 주식의 취득가액을 증명할 자료가 남아 있지 않아 어려움을 겪은 사례도 있습니다.

어떤 절차로 다투는가

과세 예고 통지를 받은 단계에서는 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다.

고지서를 받은 뒤에는 이의신청, 심사청구 또는 심판청구를 거칩니다.

이 절차를 거친 뒤에야 행정소송을 제기할 수 있습니다. 순서를 건너뛰면 소송이 각하됩니다.

각 단계마다 기한이 정해져 있어 이를 넘기면 다툴 기회 자체가 사라집니다.

변호사는 이렇게 진행합니다

  1. 과세 근거 확인 — 과세관청이 어떤 사실관계를 전제로 세액을 산정했는지 근거 자료를 확보해 확인합니다.
  2. 대주주 판정 검토 — 판정 기준일의 보유 현황과 특수관계인 범위를 재확인합니다. 하루 차이로 결론이 달라지기도 합니다.
  3. 취득가액 입증 — 계약서, 이체 내역, 법인 등기와 주주명부 등으로 실제 취득가액을 증명합니다.
  4. 평가액 다툼 — 비상장주식의 평가 방법과 그 전제가 된 재무 자료의 적정성을 검토합니다.
  5. 절차 관리 — 각 단계의 기한을 관리하며 어느 절차에서 다툴지 전략을 정합니다.

지금 확인하실 것

  • 고지서에 기재된 과세 근거와 세액 산정 내역
  • 통지를 받은 날짜와 남은 불복 기한
  • 주식의 취득 시기와 취득가액 자료
  • 양도 시점의 지분율과 가족 보유 현황
  • 거래 상대방과의 관계

법률사무소 정로의 강점

법률사무소 정로는 조세 불복에서 사실관계의 재구성을 중시합니다. 주식 양도세소송은 과세관청이 전제한 사실이 실제와 다른 경우가 적지 않으므로, 등기와 주주명부, 자금 흐름으로 당시 상황을 다시 확인하는 작업부터 시작합니다.

대주주 판정은 기준일이 언제인지가 전부라고 해도 과언이 아닙니다. 사업연도 종료일 기준 보유 현황과 양도 시점의 상황이 각각 어떤 의미를 갖는지 확인해야 하고, 가족이 보유한 주식이 합산되는지도 관계에 따라 달라지므로 당시의 주주 구성을 정확히 재구성해야 합니다.

취득가액을 증명하지 못하면 매우 불리해집니다. 자료가 없으면 환산이나 추계 방식으로 산정되어 실제보다 세액이 커지는 경우가 많으므로, 오래된 거래라도 법인 등기부, 주주명부 변동 기록, 당시 이체 내역 같은 간접 자료를 최대한 모으는 작업이 필요합니다.

비상장주식의 평가는 재무 자료를 전제로 이루어집니다. 그 전제가 된 순자산이나 순손익 수치에 오류가 있거나 회사의 특수한 사정이 반영되지 않았다면 평가액 자체를 다툴 여지가 생기므로, 결산 자료를 항목별로 검토하는 작업이 실익을 만듭니다.

특수관계인 거래는 별도의 주의가 필요합니다. 가족이나 관계 회사와 주식을 거래한 경우 시가와 다른 가격이면 부당행위계산 부인이 적용될 수 있고, 상대방에게 증여세 문제가 생기기도 하므로 양쪽의 세 부담을 함께 검토하셔야 합니다.

불복 절차의 순서를 지키는 것도 중요합니다. 이의신청이나 심판청구 같은 전심 절차를 거치지 않고 곧바로 소송을 제기하면 내용을 다투어 보지도 못하고 각하되므로, 어느 단계에서 어떤 절차를 밟을지 처음에 정해 두어야 합니다.

명의신탁된 주식이 섞여 있는 경우에는 훨씬 복잡해집니다. 실질적으로 누구의 주식이었는지에 따라 과세 대상자가 달라지고 증여 의제 문제까지 이어질 수 있으므로, 명의를 빌려준 경위와 자금의 출처를 함께 정리해 두셔야 합니다.

가산세 부분도 확인해 보시기 바랍니다. 신고나 납부가 늦어진 데 정당한 사유가 있었다면 감면을 구할 여지가 있으므로, 본세를 다투는 것과 별개로 가산세의 산정 근거를 받아 검토하는 것이 실익이 됩니다.

맺으며

조세 사건은 기한이 전부라고 해도 지나치지 않습니다. 통지서를 받으신 날짜부터 확인하시기 바랍니다.

※ 본 글은 일반적인 법률 정보 제공을 목적으로 하며, 개별 사건의 결과를 보장하지 않습니다. 구체적 사안은 반드시 변호사 및 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다.

반응형